Las funciones son muy similares. La principal diferencia es la GUI. La GUI se actualizó para facilitar su uso, colocando gráficos y accesos directos a las funciones más utilizadas desde los menús. Novedades de Microsoft Office Excel 2007
Nunca me han pedido que explique la diferencia. Si conoce bien 2003, le irá bien en 2007. Normalmente, las preguntas son más sobre funciones específicas, como tablas dinámicas, filtros y conceptos básicos de fórmulas como vlookup, declaraciones IF, SUM, etc. (Herramientas de datos), tal vez algunas herramientas de formato con gráficos y tal.
Tenga cuidado de no seguir con las mismas rutinas antiguas y verifique las mejoras actualizadas, como la capacidad de tener 1 millón de filas de datos, mientras que 2003 solo puede admitir 65k + y otras fórmulas como se menciona en otras respuestas.
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Además, no mencionó qué tipo de entrevista de trabajo. ¿Planea estar en el puesto de ayuda (solución de problemas) o analista (datos) de posición. Hay diferencias tecnológicas para ese tipo de trabajo.