Depende, el estándar esperado sería más alto para la maestría que para la licenciatura. (También creo que es mejor hacer una maestría, en lugar de una segunda licenciatura).
A menudo, a nivel de posgrado, analizan más factores que el promedio general, también analizan su historial de trabajo y otras circunstancias. Si desea transferir y hacer estudios universitarios, tendrán en cuenta sus problemas de salud (especialmente si puede documentar el efecto que tuvo en usted).
Si tiene dudas, hable con el Departamento / Universidad a la que le interesa asistir y ellos podrán darle una respuesta realista. He encontrado con las universidades que si muestra motivación, y está interesado y tiene una razón válida para querer hacer algo, entonces una universidad lo ayudará a lograr ese objetivo.
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No estoy seguro de la escala de 2.9 o 3.9 GPA (suponiendo que sea estadounidense, soy australiano).
Buena suerte, estoy seguro de que entrarás en la escuela que quieres.