Debe usar lo que sea adecuado para su propósito. Es la visualización en sí lo que es central y el enfoque debe estar en hacer eso bien. Puede encontrar un buen recurso sobre visualización práctica de datos aquí: Tamara Munzner: Análisis y diseño de visualización
Una vez que haya elegido una visualización adecuada, use lo que sea que ofrezca la visualización de la manera que brinde a los usuarios objetivo el mayor beneficio. Como regla general, las bibliotecas de código abierto son una mejor opción porque son gratuitas, a menudo extensibles y tienen múltiples formas, ligeramente diferentes, de expresar conceptos similares.
Si lo está implementando en la web, use una herramienta basada en JavaScript.
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Si está en una empresa grande, use las licencias que la compañía ya haya comprado.
Si tiene una necesidad única, busque en la amplia gama de paquetes gráficos de código abierto y probablemente encontrará lo que necesita para construir casi cualquier cosa que haya encontrado.
Las herramientas de visualización de datos son solo herramientas. Y como todas las herramientas, deberíamos usar la herramienta más apropiada necesaria para hacer el trabajo.