Solo puedo responder esto en función de cómo se diferencian los dos programas en mi universidad, NUST.
Ingeniería de software contiene “comparativamente” menos programación y más énfasis en los marcos relacionados con la forma en que se debe construir el software. Tenemos muchos cursos aquí que enfatizan específicamente los diferentes ciclos de vida de la ingeniería de software y cosas como la gestión de proyectos de software, etc. Los estudiantes de SE también reciben uno o dos cursos básicos de ingeniería eléctrica para darles la sensación de ser “ingenieros”. No estudian tantos cursos de programación como lo hacen los estudiantes de CS en NUST, pero estudian una cantidad suficiente de cursos de programación que les permite convertirse en buenos programadores.
CS, por otro lado, tiene más que ver con la codificación y menos con los diferentes ciclos de vida de desarrollo de software y teorías relacionadas con la gestión de proyectos de software, etc. Estudiamos un curso relacionado con SDLC y sus argie-bargies, pero se pone más énfasis en la programación. Estudiamos un par de cursos de programación más que ellos, pero esa tendencia también ha cambiado un poco ahora. También estudiamos un curso básico de EE pero los estudiantes de SE estudian al menos 2. Además de eso, estudiamos el lenguaje ensamblador y el hardware de la computadora con un poco más de detalle que los estudiantes de SE.
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De ahora en adelante, casi no hay diferencia entre los dos programas con solo diferencias sutiles y mínimas. Puede elegir cualquiera de los dos y no hará ninguna diferencia, ya que ambos se consideran iguales.