Puede estudiar algunas de las muchas anotaciones esquemáticas formales desarrolladas a lo largo de los años. El único que obtengo está en mucho uso actual es UML, que es bastante extenso en su cobertura de diferentes tipos de modelos que puede expresar.
Lo único que siempre aconsejo cuando las personas quieren comunicarse esquemáticamente, que es un modo de comunicación muy útil, es elegir elementos gráficos que sean distintos y tengan significados asignados específicamente. Una gran cantidad de cuadros y flechas que no distinguen el tipo de entidad representada por un cuadro ni el tipo de relación representada por la línea o la flecha es el peor tipo de diagrama.
Aquí es donde entra UML. Todas estas cosas se han resuelto y casi todos los tipos de estructuras o procesos imaginables (tanto en negocios como en software) pueden representarse de manera relativamente inequívoca en UML.
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La mayoría de los programadores usan diagramas de clase como su forma de documentación, y son bastante útiles. Sin embargo, creo que la mayor parte de su inversión proviene de los diagramas de interacción. Entender el control y el flujo de información en un sistema sobre el que está aprendiendo es, en mi experiencia, la parte más difícil y eso es exactamente lo que los diagramas de interacción exponen y dejan en claro.
Existe un excelente sitio web (gratuito) que le permite crear diagramas de interacción utilizando una notación textual simple pero muy flexible. Puede convertirlos en HTML independiente o incrustar URL que consultan en sus servidores los diagramas renderizados.
Entre paréntesis, no podía recordar el nombre del sitio en el que estaba pensando, así que busqué en Google “Diagramas de interacción en línea UML” y lo encontré: Dibujar y editar diagramas de secuencia en segundos. Sin embargo, lo que descubrí es que hay varios sitios de este tipo (el que estaba buscando fue el primer éxito, por lo que vale). Así que échales un vistazo.