Cómo mantener limpio su sistema host en todos los proyectos

Yo diría que depende de varios factores:

1. ¿Se puede instalar el sistema operativo para el que se desarrolla directamente en la máquina host?
2. ¿Necesitas probar un instalador?
3. ¿Qué tan bajo es el software?

Entonces hay dos alternativas:

1. Cree un menú de grub con múltiples particiones, cada una con un sistema operativo. El host está en una partición y el resto con os de prueba. Esto ayuda porque no hay VM involucrada y también, excepto que necesita un disco duro grande, puede usar las especificaciones completas del host. Entonces puede usar acronis para recrear una partición de prueba si sucede algo malo.
2. tener una VM (me gusta Vbox sobre Vmware) e instalar máquinas separadas. La desventaja es que no podrá utilizar las especificaciones completas del host.

Como conclusión, si su aplicación consume muchos recursos y necesita las especificaciones completas del host, use # 1. Si no, usa el # 2.

Podría intentar almacenar sus proyectos terminados en sitios como

Conozca Google Drive: un lugar para todos sus archivos

y algunos otros, tal vez si ha terminado con sus proyectos, puede intentar BORRAR los proyectos terminados después de que se hayan almacenado.

Eso es

la forma en que hago las cosas al menos.

¿Siempre se protegen sus aplicaciones en máquinas virtuales o contenedores Docker?

Si es necesario, entonces sí.

¿En su lugar, hace una copia de seguridad de sus archivos y limpia la instalación de su sistema operativo de vez en cuando?

Tal vez cuando tenía 16 años, pero ya no tengo tiempo para esa mierda.