Dado que la pregunta está etiquetada en Desarrollo web, consideraré que el proyecto es una aplicación web, no un proyecto móvil.
Al crear una aplicación web, siempre usará javascript como lenguaje del lado del cliente .
Con respecto al lado del servidor , la elección es entre lenguajes de tipo dinámico (Python, Ruby) y estáticos (C #, Java), y la batalla se gana fácilmente por cuál de estos conoce mejor, ya que eso es lo que traerá resultados más rápidos (que en última instancia, es lo que importa: resultados rápidos).
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Por lo tanto, la elección de qué lenguaje del lado del servidor es en la mayoría de los casos una cuestión de preferencia personal, estilo de programación preferido (por ejemplo, algunos prefieren la seguridad de tipo de C #, mientras que otros prefieren la verbosidad y la facilidad de uso de Python).
La decisión también puede verse influenciada por los costos de infraestructura que traerá la pila de desarrollo, pero esto es algo a considerar solo después de que el proyecto gane fuerza, realmente.