Creo que estás confundido con el XML y la base de datos vs el comentario del archivo. Tanto PHP como Node.js pueden usar XML. Ambos pueden leer archivos o hablar con bases de datos. XML no es una alternativa a ninguno de los dos.
Node.js es una mejor plataforma que PHP. Di muchas razones aquí:
La respuesta de Tim Mensch a ¿Por qué debería usar Node.js sobre PHP?
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Pero hay mucho código PHP por ahí, y no todo desaparecerá de la noche a la mañana. Se están iniciando más proyectos nuevos en Node.js que PHP, y eso probablemente se acelerará. Pero conozco personas que todavía usan Fortran, por lo que los idiomas más nuevos rara vez reemplazan por completo a los antiguos.
Si está preguntando si un servidor basado en Node.js puede hacerse cargo de un servidor PHP, entonces sí, por supuesto. Alguien necesitaría reescribir el código PHP en Node.js, y es posible que no necesite tantos servidores para manejar la misma carga, pero no hay nada que PHP pueda hacer que Node.js no pueda hacer.
Excepto para ejecutar en un host que solo sea compatible con PHP. Pero encontrar un nuevo host no es la parte difícil.