Gran pregunta, pero me temo que la respuesta es no, no como un protocolo al menos, pero tal vez se pueda armar un kit de software que use un conjunto de herramientas compartido para ayudar a crear esos protocolos y hacer que interactúen bien entre sí.
Un protocolo es como una receta popular; Básicamente es un conjunto acordado de instrucciones para hacer algo.
Para escuchar música en su computadora, tiene el protocolo MP3. Para ver videos de alta definición, tiene el protocolo Blue-ray. Y para intercambiar valor entre dos o más personas en línea, tiene el protocolo bitcoin.
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No tendría sentido tener un protocolo que intercambie valor y ejecute un sistema DNS distribuido; Ambos están mejor atendidos al tener un programa dedicado.
Me imagino que pronto se publicará un SDK, aunque viene con una plataforma básica para crear aplicaciones P2P anónimas de todo tipo. De hecho, ahora hay una plataforma llamada BitWasp que es como una tienda de comercio electrónico darkweb, hecha para usar solo a través de TOR y se puede configurar para vender cualquier cosa. Agregarle otra funcionalidad además de escaparates debería ser solo cuestión de tiempo.