Ese sería un salto muy grande y difícil. Los sistemas integrados son lenguajes de bajo nivel escritos en lenguaje C y ensamblador, que es muy diferente a Matlab y Simulink. Necesitará una considerable experiencia en electrónica y programación. No tiene las sofisticadas bibliotecas, funciones y cajas de herramientas que encuentra en Matlab para ayudarlo. Lleva mucho tiempo familiarizarse con las hojas de datos y las restricciones de los sistemas integrados.
La memoria es muy restringida, por lo que se requiere una optimización máxima del código. El tiempo es extremadamente importante. Realmente no es nada como programar en Matlab.
Los sistemas integrados son un subcampo sorprendentemente grande de la electrónica en sí. Los propios ingenieros de software encuentran que los sistemas integrados son muy difíciles de entender, me imagino que para un ingeniero mecánico sería mucho más difícil.
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Si realmente desea intentarlo, le sugiero que obtenga un tablero Arduino para jugar y ver si es para usted.