Hay muchas razones para usar un instalador en lugar de simplemente descomprimir archivos.
Windows tiene el concepto de registro: no puede descomprimir datos en una base de datos binaria.
El instalador puede verificar si los archivos que ya existen son más nuevos utilizando métricas distintas de la fecha del archivo.
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Algunos archivos deben registrarse en el registro para que el sistema operativo sepa dónde están para permitir extensiones o funciones compartidas.
El menú de inicio necesita sus atajos agregados.
Un instalador puede agregar archivos ACL o cambiar permisos.
No todas las aplicaciones deben estar en el mismo lugar y no todas las instalaciones de Windows siguen la misma estructura.
Pero, sobre todo, el instalador facilita a las personas que no entienden nada de esto. Coloca los archivos en los lugares correctos, mantiene la integridad del sistema y permite la desinstalación sin que el usuario tenga que preocuparse por cómo registrar una DLL o cambiar los permisos de los archivos.